Ebben az egyedi univerzumba az emberek elérték technológiai szintjük csúcsát és már más bolygók felfedezését is megkezdték hatalmas űrhajóikkal. Az emberiség ekkor találkozott össze a Strogg nevű fajjal, mely más élőlények testrészeinek felhasználásával, növelik cyborg seregüket és így igázzák le az újabb és újabb bolygókat. Számukra nincs kegyelem. Mikor a Földet lerohanták, nagy nehézségek árán, de végül is visszaverték a megszállókat. Ellentámadásképpen, egy esetleges újabb megszállástól félve beküldtek egy különleges osztagot a Strogg anyabolygó hadigépezetébe, hogy ott végezzenek a parancsnokkal, aki a seregeket irányítja elméjével. Sajnos a küldetés rosszul sült el, így egyedül kellett egy embernek szembe szállnia a gonosz robotokkal (ez volt a játékos szerepe a Quake II-ben). Hiába való volt végül a győzelem, hiszen ez csak lelassította őket, de nem állította meg az előrenyomulásban. Ekkor döntött, úgy a GDF, hogy a háborút a Stroggosra (a Stroggok szülőbolygójára) viszi. Így kezdődött el a végső összecsapás (Quake 4), melyben Matthew Kane-t az idegenek átalakítják robottá, de az átalakulás utolsó fázisában szakasz társai kimentik, így emberi tudata épen maradt. Ekkor döbben rá a katonai vezetőség, hogy ez a katona a győzelem kulcsa a konfliktusban. Új parancsot kap, miszerint el kell pusztítania a Strogg központi agyat, mely végleg legyőzné az agresszorokat. Feladatát sikeresen teljesítve ünnepelve távoznak a bolygóról az anyahajón, mikor is a „különleges” katonát ismét bevetésre hívják…

A folytatáshoz klikk ide